Ein Mutant dringt ins Weiße Haus ein und versucht offenbar den Präsidenten zu ermorden. Die Folgen der Tat sind weitreichend. General Stryker erhält die Befugnis gegen die Schule von Professor X vorzugehen, während dieser gleichzeitig versucht den vermeintlichen Attentäter zu finden. Als Storm und Jean Grey ihn schließlich finden, zeigt sich, dass er die Tat nicht freiwillig begangen hat: Jemand oder etwas hat ihn kontrolliert. Es stellt sich heraus, dass alles Bestandteil des perfiden Plans von Stryker ist, der sich an Professor X und allen Mutanten rächen will, weil sein eigener Sohn ebenfalls Mutationen aufweist. Er will den Professor und die Maschine Cerebus benutzen, um alle Mutanten auf der Erde zu ermorden. Die X-Men müssen sich mit ihrem Feind Magneto verbünden, um ihn aufhalten zu können. Dabei muss Wolverine entdecken, dass Stryker ihn aus der Vergangenheit zu kennen scheint - und nicht nur das, er weiß offensichtlich genau, was damals mit ihm passiert ist...
Der Film schließt nahtlos an den ersten Teil an und ist meiner Meinung nach eine absolut gelungene Fortsetzung. Es gibt ein Wiedersehen mit den alten Helden und Bösewichten und einige neue spannende Charaktere, insbesondere den Nightcrawler, einer meiner besonderen Lieblinge. Sehr nett ist der Film auch für diejenigen, die gerade Wolverine im Kino gesehen haben, erkennt man doch eine Menge wieder, vor allem den netten General Stryker. Wer an interessanten Kleinigkeiten interessiert ist, sollte mal auf den Computerbildschirm achten, wenn sich Mystique als Strykers Gehilfin getarnt in den Computer hackt. Sie findet dort eine Liste mit dem Namen von Mutanten und im Bild erscheint kurz der Name Remy LeBeau, auch bekannt als... - genau: Gambit.