Nachdem es ja bereits drei Filme aus dem X-Men Universum gab, steht diesmal die Vorgeschichte eines der bekanntesten Charaktere, nämlich Wolverine, im Mittelpunkt der Handlung.
Logan, der später einmal Wolverine werden soll, hat sich in den kanadischen Rockies zur Ruhe gesetzt und arbeitet jetzt als Holzfäller. Nachdem er jahrelang beim Militär war und schließlich sogar Teil einer Sondereinheit von Mutanten unter der Leitung von General Striker, hat er genug von dem, was er dabei sehen musste und sich aus allem herausgezogen. Doch seine Vergangenheit lässt ihn nicht los: Eines Tages erscheint ebendieser General wieder und erzählt Logan von einer Mordserie an den ehemaligen Mitgliedern der Sondereinheit. Logan will damit zunächst nichts zu tun haben, doch als der Mörder wieder zuschlägt und das nächste Opfer Logans große Liebe Kayla ist, muss er erkennen: Der Mörder ist sein Bruder Victor.